Le 14 Mars 2016, le Conseil Agriculture et Pêche a adopté des Conclusions sur les accords de partenariat de pêche avec les pays tiers, comme réponse politique aux recommandations émises par la Cour des Comptes européenne sur le sujet dans un rapport spécial.
Ce rapport, « La Commission gère‑t‑elle correctement les accords de partenariat dans le domaine de la pêche? », a été publié par la Cour en octobre 2015. Son objectif était d'évaluer si les Accords de Partenariat de Pêche (APP) sont bien gérées par la Commission européenne, au cours de leurs négociations et leur mise en œuvre. Le rapport est basé sur l'audit de quatre APP : trois APP thoniers dans l'Océan Indien (Madagascar, Mozambique et les Seychelles) et un APP mixte en Afrique de l'Ouest (Mauritanie).
La principale conclusion du rapport est que dans l'ensemble, ces accords sont bien gérées mais il y a des améliorations possibles, tant en ce qui concerne la mise en œuvre que le processus de négociations. La Commission a accepté toutes les recommandations formulées par le rapport, précisant cependant que certains efforts sont déjà faits pour améliorer les APP.
En général, CAPE estime que les conclusions tirées par le rapport de la Cour doivent être approfondies et élargies, puisqu'elles ne reposent que sur quatre accords et surtout ne reflètent que les préoccupations des armateurs de l'UE. Peu d'attention est donnée par la Cour à la société civile et aux besoins et intérêts des communautés de pêche des pays tiers.
Dès lors, CAPE a publié des commentaires et des recommandations, basés sur le rapport de la Cour, sur comment la gestion des Accords de Partenariat de Pêche durables (APPD) peut être améliorée pour contribuer à l’établissement de la pêche durable dans les pays tiers. CAPE veut aussi rappeler qu'il existe d'autres types d'arrangements permettant l’accès de flottes étrangères aux eaux de pays tiers, tels que des accords privés, affrètement, sociétés mixtes, qui ont une incidence importante sur les communautés côtières de ces pays tiers, sur les écosystèmes côtiers et les économies locales. La transparence et la durabilité doivent aussi s’appliquer à ces arrangements.